python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)
1.用SimpleITK读取dicom序列：
importSimpleITKassitk importnumpyasnp img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1' mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1' reader=sitk.ImageSeriesReader() img_names=reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path) reader.SetFileNames(img_names) image=reader.Execute() image_array=sitk.GetArrayFromImage(image)#z,y,x reader=sitk.ImageSeriesReader() mask_names=reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path) reader.SetFileNames(mask_names) mask=reader.Execute() mask_array=sitk.GetArrayFromImage(mask)#z,y,x
2.用dicom读取单张dicom图像并显示：
importdicom
importpylab
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")
pixel_bytes=ds.PixelData
##CT值组成了一个矩阵
pix=ds.pixel_array
##读取显示图片
pylab.imshow(ds.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone)
pylab.show()
如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：
##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData
forn,valinenumerate(ds.pixel_array.flat):#example:zeroanything<300
ifval<300:
ds.pixel_array.flat[n]=0
ds.PixelData=ds.pixel_array.tostring()
ds.save_as("newfilename.dcm")
3.此外，用pydicom也可读取dicom图像
以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持毛票票。
声明：本文内容来源于网络，版权归原作者所有，内容由互联网用户自发贡献自行上传，本网站不拥有所有权，未作人工编辑处理，也不承担相关法律责任。如果您发现有涉嫌版权的内容，欢迎发送邮件至：czq8825#qq.com（发邮件时，请将#更换为@）进行举报，并提供相关证据，一经查实，本站将立刻删除涉嫌侵权内容。