python对DICOM图像的读取方法详解
DICOM介绍
DICOM3.0图像，由医学影像设备产生标准医学影像图像，DICOM被广泛应用于放射医疗，心血管成像以及放射诊疗诊断设备（X射线，CT，核磁共振，超声等），并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中，DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。
看似神秘的图像文件，究竟是如何读取呢？网上随便一搜，都有很多方法，但缺乏比较系统的使用方法，下文综合百度资料，结合python2.7，讲解如何读取及使用DICOM图像。
读取DICOM图像，需要以下几个库：pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom专门处理dicom图像的python专用包，numpy高效处理科学计算的包，依据数据绘图的库。
安装：
pipinstallmatplotlib
pipinstallopencv-python#opencv的安装，小度上基本都是要下载包，安装包后把包复制到某个文件夹下， #后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法，亲测可用
pipinstallpydicom
pipinstallnumpy
如果没有记错，安装pydicom时，也会自动把numpy安装上。
安装好这些库后，就可以对dicom文件操作。
具体看下面代码：
#-*-coding:utf-8-*-
importcv2
importnumpy
importdicom
frommatplotlibimportpyplotasplt
dcm=dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")
dcm.image=dcm.pixel_array*dcm.RescaleSlope+dcm.RescaleIntercept
slices=[]
slices.append(dcm)
img=slices[int(len(slices)/2)].image.copy()
ret,img=cv2.threshold(img,90,3071,cv2.THRESH_BINARY)
img=numpy.uint8(img)
im2,contours,_=cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
mask=numpy.zeros(img.shape,numpy.uint8)
forcontourincontours:
cv2.fillPoly(mask,[contour],255)
img[(mask>0)]=255
kernel=cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))
img=cv2.morphologyEx(img,cv2.MORPH_OPEN,kernel)
img2=slices[int(len(slices)/2)].image.copy()
img2[(img==0)]=-2000
plt.figure(figsize=(12,12))
plt.subplot(131)
plt.imshow(slices[int(len(slices)/2)].image,'gray')
plt.title('Original')
plt.subplot(132)
plt.imshow(img,'gray')
plt.title('Mask')
plt.subplot(133)
plt.imshow(img2,'gray')
plt.title('Result')
plt.show()
在DICOM图像里，包含了患者的相关信息的字典，我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息，可以通过字典返回相关的值。
importdicom
importjson
defloadFileInformation(filename):
information={}
ds=dicom.read_file(filename)
information['PatientID']=ds.PatientID
information['PatientName']=ds.PatientName
information['PatientBirthDate']=ds.PatientBirthDate
information['PatientSex']=ds.PatientSex
information['StudyID']=ds.StudyID
information['StudyDate']=ds.StudyDate
information['StudyTime']=ds.StudyTime
information['InstitutionName']=ds.InstitutionName
information['Manufacturer']=ds.Manufacturer
printdir(ds)
printtype(information)
returninformation
a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')
printa
总结
以上就是这篇文章的全部内容，希望本文的内容对大家的学习或者工作能带来一定的帮助，如果有疑问大家可以留言交流，谢谢大家对毛票票的支持。