在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程
Seurat 作为单细胞分析中的重量级R包，有多好用用，用过的人都知道。Seurat分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降维及画图等。还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应。然而Seurat2和Seurat3的矫正方法完全不一样，得到的结果也不一致。
Seurat2是基于CCA（典型相关性）的，可以矫正肿瘤，外周血及癌旁组织间由于实验带来的批次效应，也能很好的矫正用不同的单细胞实验平台进行试验带来的批次效应。虽然速度慢，效果还是不错的。而Seurat3则是基于样本间具有相似表达谱的细胞群来进行矫正，对于同一种性质的实验，由于不同单细胞技术造成的实验批次效应，seurat3能够很好的矫正。从官网给的pancers矫正结果就可以看到其矫正能力多么强大。然而正式因为如此强大的矫正能力，对于肿瘤和外周血样本的矫正却过了头，导致不该分在一起的细胞具有了相似的基因表达谱。本人也是做了好几个课题，发现都存在这样的问题，因此果断放弃Seurat3的矫正方法，继续用Seurat2的。但是Seurat3的findmarker这个功能可以一次计算10万以上的细胞不报错，而Seurat2就不行，折衷的方案是同时安装Seurat2和Seurat3的包，在内存里切换数据，而不用写到本地后再用Seurat3读取后升级。
尤其是对于动辄10几万个细胞来说，保存数据到本地这个操作要花费至少30min,读取也要30min.
下面我就告诉大家不用读写到本地就可以在Seurat2和Seurat3之间完美切换，。
其实方法很简单，将Seurat2和Seurat3安装在不同的library里面就行了。
我已经安装好了，以我自己进行的自由切换为例:
>R.version _ platformx86_64-conda_cos6-linux-gnu archx86_64 oslinux-gnu systemx86_64,linux-gnu status major3 minor6.1 year2019 month07 day05 svnrev76782 languageR version.stringRversion3.6.1(2019-07-05) nicknameActionoftheToes
我用的是最新的R版本3.6.1很好用。
默认的library是conda自带的
>.libPaths() [1]"/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library"
默认的Seurat是最新版的Seurat3
>library(Seurat)
RegisteredS3methodoverwrittenby'R.oo':
methodfrom
throw.defaultR.methodsS3
>packageVersion("Seurat")
[1]‘3.0.2'
我在另一个library里安装了Seurat2
/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library
在两者间自由切换
1.首先将Seurat2所在的library加载进来
>.libPaths("/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library")
>.libPaths()
[1]"/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library""/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library"
>
2.detachSeurat3后加载Seurat2,因为这个时候Seurat2所在的library已经在Seurat3之前了，系统会默认先加载Seurat2
>detach("package:Seurat",unload=T)
>library(Seurat)
Loadingrequiredpackage:ggplot2
RStudioCommunityisagreatplacetogethelp:https://community.rstudio.com/c/tidyverse.
Loadingrequiredpackage:cowplot
********************************************************
Note:Asofversion1.0.0,cowplotdoesnotchangethe
defaultggplot2themeanymore.Torecovertheprevious
behavior,execute:
theme_set(theme_cowplot())
********************************************************
Loadingrequiredpackage:Matrix
>packageVersion("Seurat")
[1]‘2.3.4'
>
现在Seurat3已经成功的切换成Seurat2了.想要加载Seurat3的时候，将默认library换到Seurat2的前面即可。
是不是soeasy!
总结
以上所述是小编给大家介绍的在linux中用同一个版本的R同时安装Seurat2和Seurat3的教程，希望对大家有所帮助，如果大家有任何疑问欢迎给我留言，小编会及时回复大家的！